Der er gjort talrige fund i Frederikssund-området, som viser, at her har boet mennesker helt tilbage til jægerstenalderen. Siden middelalderen har der formentlig været et mindre færgested, der hvor Frederikssund by nu ligger. Men området var kun et ubeboet overdrev, og færgen ikke andet end en pram, der blev trukket over Roskilde Fjord med et tov.

Da Frederik II i 1560’erne satte byggeriet af Frederiksborg Slot i Hillerød i værk, fik færgestedet dog nogen betydning ved transporten af kongens byggematerialer. Der opstod dengang en handelsplads, som fik toldstedsret i 1573, og i 1578 fik Slangerups borgere lov til at bruge stedet som lodse- og ladeplads og bygge pakhuse. I 1587 blev der anlagt en simpel skibsbro af træ, som 35 år senere blev udskiftet med en skibsbro af sten. I 1652 blev Frederikssund opkaldt efter den siddende konge, Frederik III, men hørte fortsat under Slangerup Købstad.

Frederikssund blev til et egentligt bysamfund i løbet af 1700-tallet, hvor mange handlende bosatte sig i den spirende by. Samtidig gik det så skidt for Slangerup, at byen i 1809 blev frataget sin status som købstad. Købstadsstatussen overgik i stedet til Frederikssund, som dermed blev en af Danmarks yngste købstæder.

Frederikssund lå gunstigt for handel med skibsfart, og havnen blev moderniseret fra midten af 1800-tallet. På det tidspunkt kom de første industrivirksomheder også til byen, som var i hastig vækst, og snart indlemmede man landsbyen Ude Sundby i købstaden. I 1867 blev færgeforbindelsen afløst af en pontonbro, Kronprins Frederiks Bro, som gjorde gavn, indtil den faste bro af samme navn kom i 1936.

I 1879 åbnede jernbaneforbindelsen til København. Ud over at klare en del af godstransporten sørgede jernbanen også for, at turismen kom til Frederikssund. De gode trafikforbindelser gjorde i 1900-tallet, at Frederikssund og Fjordlandet blev et yndet mål for københavnernes søndagsture og længere ferier.

I 1740 var der 300 indbyggere i Frederikssund. I 1930 var der 3.200, og indbyggertallet fortsatte med at stige gennem hele 1900-tallet, ikke mindst i takt med at byen blev udbygget, og mange tilflyttere kom til.

Lige inden kommunesammenlægningen 1. januar 2007 var der næsten 20.000 indbyggere i Frederikssund Kommune. I storkommunen, som består af de tidligere kommuner Slangerup, Skibby, Jægerspris og Frederikssund, er der i 2008 tæt på 45.000 indbyggere. Det gør Frederikssund til Nordsjællands tredjestørste kommune. Man forventer, at indbyggertallet fortsat vil stige, og at der vil være fremdrift i erhvervslivet, så Frederikssund i de kommende år vil markere sig som et væsentligt udviklingsområde i Region Hovedstaden.