In der Gegend um Frederikssund hat man zahlreiche Funde gemacht, die darauf hinweisen, dass hier seit der Steinzeit Menschen siedeln. Im Mittelalter befand sich eine kleinere Fährstation da, wo heute die Stadt Frederikssund liegt. Aber die Gegend war lediglich unbewohntes Grenzland, und der Fährverkehr bestand in einem Kahn, der mit Hilfe eines Seils über den Fjord gezogen wurde.

Als um 1560 unter Frederik II in Hillerød die Konstruktionsarbeiten zu Schloss Frederiksborg begannen, gewann die Fährstation durch den Transport der königlichen Baumaterialien an Bedeutung. Es entstand dort ein Handelsort, der 1573 das Zollrecht zugesprochen bekam. 1578 erhielten die Bürger von Slangerup die Erlaubnis, den Ort als Lotsenpunkt und Verladeplatz zu nutzen und dort Lagerhäuser zu errichten. 1587 wurde eine einfache Holzlandebrücke angelegt, die 35 Jahre später durch eine Steinbrücke ersetzt wurde. 1652 wurde Frederikssund nach dem regierenden König Frederik III benannt, gehörte jedoch weiter zur Handelsstadt Slangerup.

Im Laufe des 18. Jahrhunderts entwickelte sich Frederikssund zu einer Stadt. Viele Händler siedelten sich in diesem Zeitraum an dem florierenden Ort an. Gleichzeitig nahm die Bevölkerungszahl und Handelsaktivität im benachbarten Slangerup derartig ab, dass der Stadt 1809 ihr Status als Handelsstadt aberkannt wurde. Dieser ging dann auf Frederikssund über, das damit zu einer der jüngsten Handelsstädte Dänemarks wurde.

Frederikssund lag günstig für den Seehandel, und in der Mitte des 19. Jahrhunderts begann man den Hafen zu modernisieren. Gleichzeitig fassten die ersten industriellen Betriebe in der rasch wachsenden Stadt Fuß, und bald wurde das Dorf Ude Sundby in die Handelsstadt eingemeindet. 1867 wurde die Fährverbindung durch eine schwimmende Brücke abgelöst, die 1936 durch eine permanente Brücke ersetzt wurde. Dieser Brückenübergang hieß damals wie heute Kronprinz Frederiks Brücke. 

1879 nahm man einen Eisenbahnverbindung nach Kopenhagen in Betrieb. Der Schienenverkehr transportierte Waren, und erschloss die Region erstmals dem Tourismus. Durch die gute Verkehrsanbindung wurden Frederikssund und das Fjordland ein beliebtes Erholungsziel für die Hauptstadtbewohner. Die Kopenhagener kamen sowohl zum Sonntagsausflug, als auch um hier länger Ferien zu machen.

1740 hatte Frederikssund 300 Einwohner. 1930 waren es 3200, und die Einwohnerzahl stieg in den folgenden Jahren immer weiter, im gleichen Maße wie die Stadt immer weiter ausgebaut wurde.

Kurz vor der Kommunenzusammenlegung am 1. Januar 2007 hatte die Kommune Frederikssund 20 000 Einwohner, und in der neu gebildeten Großkommune, die aus den früheren Kommunen Slangerup, Skibby, Jægerspris und Frederikssund besteht, wohnen in 2008 gut 45 000 Einwohner. Damit ist Frederikssund die drittgrößte Kommune in Nordseeland. Für die kommenden Jahre wird ein weiterer Anstieg der Einwohnerzahlen und des Wirtschaftswachstums erwartet. Frederikssund ist eine der am stärksten expandierenden Kommunen in der Hauptstadtregion.